L’ organizzazione, la gestione e la promozione del Museo è assunta dall' “Associazione Museo del Mare di Siracusa”, i cui soci ordinari sono il Consorzio Syrakosia, Associazioni, Enti e singoli. I proprietari dei reperti conferiti al Museo e quanti offrono competenze specifiche sono soci onorari dell'Associazione.
L’ Associazione è governata dall’Assemblea dei soci, dal Consiglio Direttivo e dal Presidente e tutte le cariche sono svolte in modo completamente gratuito.
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